Sete anos mais tarde, graças a uma informação fornecida pela T-Bag, Lincoln e Sara descobrem que Michael ainda está vivo em uma prisão do Iêmen, então eles desenvolvem um plano para tirá-lo de lá.
Já faz sete anos que Michael Scofield foi dado como morto, mas quando indícios sugerem que ele ainda pode estar vivo, Lincoln Burrows se reúne com Sara Tancredi para ajudar a descobrir a verdade.
Enquanto Lincoln e C-Note procuram o "Sheik", Michael e seu companheiro de cela, Whip, tentam escapar de Ogygia.
Quando T-Bag embosca Sara, ele a adverte que dois dos capangas de Poseidon, Van Gogh e A&W, podem estar a seguindo.
Michael, Whip e Jacob fazem a última tentativa de fuga de Ogygia, mas devem fazer um acordo com o diabo para realizar o plano.
Lincoln fica frustrado quando tenta entender o que realmente aconteceu com Michael. C-Note tem um novo plano de fuga, mas teme que não seja executado rápido o suficiente, já que Cyclops está logo atrás.
Enquanto Michael, Lincoln e a gangue remanescente de Ogygia tentam escapar do Iêmen, eles encontram-se correndo pelo deserto fugindo de um vingativo Cyclops.
Sara teme pela segurança de sua família quando descobre a verdadeira razão pela qual Michael fingiu sua própria morte.
Quando a segurança de Sara e seu filho é ameaçada, Michael e Lincoln recrutam a ajuda de Sheba e C-Note para tentar capturar Poseidon.
Perigosas ameaças fazem Michael e Lincoln lutar para proteger Sara e Mike.