Um ano depois, Dean vive feliz na companhia de Lisa e Ben. Mas quando reencontra Sam , ele é obrigado a abandonar a nova vida e trabalhar com seu avô Samuel , que se dedica à captura de monstros.
Um ano após enfrentar o Apocalipse, Dean desiste de caçar demônio e mora com Lisa. Libertado do inferno, Sam salva o irmão e apresenta Dean à família da mãe deles.
Sam investiga um caso de pais assassinados e bebês desaparecidos. Os irmãos levam o bebê para Samuel. Mas, um metamorfo tenta sequestrar a criança.
Sam e Dean pedem ajuda de Castiel para investigar policiais que foram mortos por pragas do Egito. O anjo diz que o Céu está um caos após o roubo das armas de Deus.
Após descobrir que Crowley não tem nenhuma intenção de devolver a alma dele, o caçador pede ajuda de Sam e Dean. Ele desvenda um dos segredos mais profundos de Crowley.
Em uma briga com vampiros, Dean é mordido e se transforma. Samuel diz pode desfazer tudo, mas Dean precisa do sangue do vampiro que o mordeu.
Os irmãos Winchester descobrem que alguém está invocando a Deusa da Verdade forçando as pessoas a serem cruelmente honestas. Dean vira uma das vítimas e fala verdades para Sam.
Dean desconfia de Samuel, mas Sam não acredita que o avô está fazendo algo errado. Os Winchester e os Campbell vão para uma caçada, mas as coisas dão errado.
Crowley jura devolver alma de Sam se os irmãos pegarem um lobisomem. Criaturas se passam por cães para matar e o único jeito de parar os assassinatos é rasgar acordo com Crowley.
Sam e Dean investigam um avistamento de OVNI, mas descobrem um mundo cheios de fadas, elfos, gnomos e um duendes.
O demônio Meg seqüestra Sam e Dean para descobrir onde está Crowley. Sam faz acordo: Crowley em troca da alma dele. Castiel se junta à luta, mas acha difícil trabalhar com Meg.
Dean pede ajuda à Morte para recuperar a alma de Sam. A Morte faz uma proposta a Dean. Enquanto isso, Sam vai atrás de proteção para a alma dele e procura Baltazar.
Dean e Bobby aguardam Sam para ver se a Morte foi capaz de restaurar a alma dele. Eles também investigam sumiço de virgens e descobrem que dragões estão por trás dos sequestros.
Sam começa a ter flashbacks de um caso em que trabalhou com Samuel. Os irmãos investigam e ficam surpresos quando as pessoas da cidade relembram o que Sam fez por lá.
Ben diz para Dean que Lisa está com problemas. Ele corre para casa para resgatar Lisa. Enquanto isso, Sam descobre que assassinatos eram parte de uma brincadeira cruel.
Para proteger os irmãos, Baltazar envia os dois para um universo alternativo onde eles atores e estrelam um programa de TV: Supernatural.
Sam, Dean e Bobby tentam caçar Eve. No caminho, eles encontram Samuel e Gwen Campbell. Bobby e Samuel tem uma discussão séria sobre como lidar com o caso.
Baltazar impede que o Titanic afunde, mas Destino intervém e mata quem escapou. Castiel diz a Sam e Dean maneira de se manter vivo é matar Destino.
Enquanto pesquisam como derrotar Eve, Dean encontra com um diário. Por isso, Sam e Dean pedem uma viagem no tempo para conhecer Samuel Colt.
Sam, Dean, Bobby e Castiel descobrem que Eve transformou população de uma cidade em demônios. No encontro com Eve, ela tortura os irmãos trazendo a mãe deles como um demônio.
Castiel conta a Sam, Dean e Bobby sobre a guerra no Céu e como ele e Rafael se tornaram inimigos. Bobby desconfia que Castiel esconde algo, mas Dean se recusa a acreditar nisso.
O pior pesadelo de Dean se torna realidade quando um demônio sequestra Ben e Lisa para chegar até ele. Sam e Dean somam forças a um aliado improvável para libertá-los.
Sam retoma toda a memória. Pela primeira vez, Dean e Bobby não sabem como ajudar apenas observam Sam. A batalha pelo céu chega ao fim e Castiel surpreende.